“最重要的部分是要把‘管办分开’明晰出来，不然，很难有公平的监管环境。”10月25日，在由全国工商联召开的“深化医药卫生体制改革”座谈会上，亿仁投资集团主席孙启银称，方案对如何管办分开语焉不详，给地方操作留下了很大口子。作为民营医院代表，孙启银希望通过全国工商联渠道，向医改协调小组反映“要对关键性医改领域给出明晰的政策安排。”
与此同时，医改专家们也看到，医疗服务体制改革方面中的另一个话题，即“如何构建医疗市场格局”，在方案中也出现前后模糊的表达，如“公立医疗机构为主导、非公立医疗机构共同发展的办医原则”和“形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制”，两种不同口径的表述令人无所适从。
“如果是公立为主导，意味着非公立医疗机构为辅，这和鼓励社会资本进入医疗市场的指导思想又是相违背的。”北师大医改方案执笔人、北京大学政府管理学院教授股昕表示。
不仅是关键性改革环节没能给出政策路径，而一些比较明确详细的写入医改方案的政策措施，也引来相关方的质疑。
其中，争议最大的是新方案中对建立基本药物制度的制度设想。
按照该设想，国家统一制定和发布国家基本药物目录，按照一定原则。为了保证“基本药物”能够生产和使用，于之相应的生产体系，基本药物制定统一价格，由国家实行招标定点生产或集中采购，直接配送，并采取“强制”措施规定各级医院使用。
对此供应体系，各方质疑为“准统购统销”模式，担心这种回归计划色彩的改革思路将带来更多体制弊病，而“基本药物”究竟能解决多少看病难、看病贵问题，也存在疑问。
“新医改方案存在重新调整的可能性。”上述医改协调小组人士表示，鉴于各方对方案争议颇大，征求意见后方案有可能做出新的调整。“即便是卫生部门内部，对方案也存在着不同看法，一方认为局部调整即可，另一方认为需要重新进行大的修订。”
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