研究中心“中小企业发展的新环境新问题新对策”课题认为，中小企业司设在工信部，易产生视角偏差或层面收窄。中小企业事务具有跨部门、跨行业、跨所有制特点，这使得工信部作为中小企业管理部门的“牵头”作用处境尴尬。

　　涉及到中小企业各个方面的政策不是中小企业司单独可以解决的，因此还涉及到包括科技部、财政部、银监会、国家工商总局、农业部、商务部、国家税务总局、人民银行、全国工商联等9个部门和机构，可谓“九龙治水”.

　　更为重要的是，各级政府部门缺乏对中小企业政策落实的追踪考核机制，使得从2003年《中国中小企业促进法》实施8年以来，相当一部分中小企业扶持政策仍然难以落到实处。

　　国务院发展研究中心在调研地方中小企业管理机构时发现，从2008年至2011年的3年内，全国有18个省区市独立挂牌成立了中小企业管理部门，称为中小企业局或中小企业厅，这些省份大多分布在东部沿海以及中小企业发展较快的省市，反映了时代发展要求。

　　地方政府开始意识到，对中小企业的服务和管理应融合更多的政府资源，打破“九龙治水”的局面。

　　而从中央的角度来看，重视中小企业发展是大势所趋，包括全国工商联、中国中小企业协会、国务院发展研究中心等机构都建议中国可以参考美国或日本的经验，在中央层面设立直属的中小企业部门。

　　当前，美国设有联邦政府小企业管理署，工作人员有2000多人；日本设有中小企业厅，196人，也直属中央，并配有财政、金融、经营、技术、支持、宣传等各个部门。

　　然而，也有专家质疑，建立一个副部级机构仍然需要协调各部委的利益和关系，现有的国务院领导小组已经可以承担这个职责了。如果再建立一个中小企业局，势必还需要地方相应的配套，使行政机构膨胀，反而增加了中小企业的监管门槛。