第三，在理顺中央政府与地方政府关系方面有新的进展。将一批原由中央政府各部门管理的部分审批权和具体事务性工作下放到地方政府管理。精简机构和人员取得实效。国务院组成部委由40个减至29个。国务院各部门内设司局级机构和国务院行政编制人员也进行了大幅度的精简。

　　第四，人员分流工作初见成效。这次机构改革，机构和人员调整较多，人员分流的办法是“带职分流，定向培训，加强企业，优化结构”。1998年改革是在我国全面实行社会主义市场经济体制、实行经济增长方式转变、实行经济发展战略调整的新的历史条件下，集中进行的一次具有相当广度和深度的改革。但从现在来看，这次改革提出的转变政府职能的目标并没有完全实现，职能转变迟缓；为了实现减编定员的高目标，有些部门占用事业编制来接收行政编制分流的部分人员、使用借调干部来补充工作人员不足，机构和人员仍处于“膨胀—精简—膨胀”的循环怪圈。改革仍然具有一定的过渡性，有待于进一步深化。

　　2．地方政府机构改革

　　1999年1月，中共中央、国务院发出《关于地方政府机构改革的意见》，同年7月，召开全国地方机构改革工作会议，明确了地方机构改革的指导思想、目标任务和方针政策。2000年，又发出《关于市县乡人员编制精简的意见》，提出了编制精简的指导思想和原则、配套政策与措施，明确了市县乡各级精简的重点和具体要求。

　　2001年2月，召开全国市县乡机构改革工作会议，部署市县乡机构改革工作，研究贯彻落实措施，全面展开全国市县乡机构改革工作。改革的要点有：精简行政编制；清理现有行政审批事项，简化和规范行政审批程序；清理整顿行政执法队伍，实行集中综合执法；坚决清退超编人员和各类临时聘用人员；切实做好人员分流工作，鼓励和支持分流人员自谋职业、自主创业。

　　3．事业单位改革

　　在这一阶段，从中央到地方，各级党委、政府都把事业单位改革纳入了改革的重要日程，制定政策，加强领导，事业单位机构和人事制度改革全面启动，其他改革也不断深入。特别是从20世纪90年代中期以后，党中央、国务院开始对事业单位改革进行总体上的部署，每年都有新的措施和要求。在这一形势下，教育、科技、文化、卫生等行业以及大多数省市都启动、实施了事业单位改革。

　　从宏观方面说，1998年《事业单位登记管理暂行条件》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》颁行，从立法高度初步明确事业组织的分类及各类事业组织（事业单位、民办非企业单位）的性质、法人地位、管理体制等。教育、科研、卫生、新闻出版以及勘察设计等事业单位的改革分类推进，取得了重要进展。2000年后，教育、科技、卫生等事业单位人事制度改革的意见和加快推进事业单位人事制度改革的意见等陆续出台，标志事业单位人事制度改革全面展开。在此形势下，地方的事业单位改革不断探索和创新，取得许多宝贵经验，较好地促进了社会事业的发展。

　　4．行政法制建设

　　1999年4月，《中华人民共和国行政复议法》通过，自1999年10月起施行。它对于健全我国的行政法制体系、强化层级监督和行政复议的权威性、优化权利救济制度，促进依法行政、依法治国，均具有重大的意义。