1994年6月由金马爱乡联盟提出《金马与大陆小三通说帖》，表达希望能以“单向通航”﹑“定点直航”或“先海后空”﹑“现货后客”等方式，渐渐进行小三通。

　　1997年4月19日，两岸开始进行高雄与福州﹑厦门间的“不通关﹑不入境”的境外通航。

　　及至2000年3月21日，台湾的立法院通过《离岛建设条例》第18条，订明“为促进离岛（指澎金马地区）发展，在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先行试办金门﹑马祖﹑澎湖地区与大陆地区通航”（俗称小三通条款），条例于同年4月5日实施。

　　2000年12月13日，台湾行政院根据《离岛建设条例》通过《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》，以作为小三通的管理依据。并于2001年1月1日开始实施，定点定时的货客运通航。金厦“小三通”第二条航线2008年8月31日开通，航程仅半个小时，以及五通距离厦门高崎国际机场近的优势，便利中转到大陆各地的台商和旅客。水头往返五通航线是金门“小三通”自2001年1月2日启动以来，继金门往返厦门东渡码头、泉州石井港之后的第三条客运航线，也是金厦之间第二航道。目前有“金门—厦门”、“马祖—马尾”、“金门—泉州”的小三通固定航班。

　　大三通部分：

　　公元2008年12月15日，大三通基本实现。