不过，也有分析认为，上述中央行政力量的推动、政策的扶持从另一侧面也折射出长三角专属决策机构的缺失。江苏省社会科学院副院长、中国社会科学院中国城市发展研究中心长江三角洲区域研究中心主任张颢瀚认为，目前长三角仍缺少跨地区的行政主体来具体操作，新的考核指标也亟待建立。

　　记者了解到，目前在泛珠三角、环渤海地区都有一套正式的政府间协调机制。在泛珠三角，这套机制是由四个层次的制度组成，环渤海地区则是三个层次。而在长三角，例行的协调机构是长三角城市经济协调会，但不少业内专家都认为这样的制度还是“偏软”，协调机构如何维持公信力是一个难题。

　　记者了解到，长三角两省一市各有其自身特色：浙江经济体以民营中小企业为主，上海经济体以外资与大型国企为主，江苏经济体则以国有控股为主。此次区域经济规划的重点就在于统筹政策与制定一体化的目标。“这次规划将原本在三种模式上起跑的三个地域，统一到长三角范畴内。 ”浙江大学国际经济研究所所长赵伟认为，在大长三角范畴里制定经济政策、规划交通，给予银行贷款，可以实现整个长三角地域的产业升级，但毕竟两省一市有各自的行政体制，长三角一体化在实际操作中面临的困难也不小。 ”

　　政协全国委员会副主席厉无畏曾建议直接建立类似 “长三角合作与发展委员会”的独立机构。中国生产力学会会长王茂林则为这个设想的机构定下了发展基调，认为这个机构应该编制一个到2020年的规划，用以指导长三角发展。另据专家介绍，利益协调还可以包括“利益分享”和“利益补偿”两个方面。