2005年与2006年,国务院发展研究中心专家组曾两度赴深调研保税区转型课题,并建议在深圳的保税区内设立自由贸易区。目前,深圳拥有沙头角保税区、福田保税区和盐田港保税区三个保税区,面积2.4平方公里,且正在宝安机场附近筹建空港保税物流园。深圳经济发展到现阶段,保税区正在由过去加工贸易为主导向国际物流集散中心转型。随着外贸经营权的放开,关税的逐步下调和出口加工区的迅速发展,深圳保税区的出口加工优势不断弱化,保税区的转型迫在眉睫。