分区4:崇南分区 （田园城市化中心城区）
  位于全岛南沿，包括城桥、堡镇、新河、庙镇、竖新、向化、中兴和陈家镇等8镇组成了全岛现状最主要的城镇群，居住人口稠密，也是全岛经济的密集地带，面积约200平方公里。
崇南分区是全岛的政治、经济和文化中心，是人口和城镇稠密区及产业的集中区，呈带状分布，对全岛经济和社会的空间辐射效果强大。
　　 规划崇南地区确定为全岛田园式的城市化中心城区，最为集中的人口城市化地区和产业布局园区，成为全岛农村城市化和农民市民化的导入空间。主要项目包括：
　　 一是启动崇明新城和堡、庙、新、向等四个中心镇片区建设，扩大中心城镇规模，将全岛较分散的居民点人口、产业向此地带集中，推进崇明城市化的质量和水平，同时也为全岛山河重整、置换土地提供了重要的腾挪空间。
　　 二是按照低密度的田园水城风格和链状相接的组团城市形态，高标准建设城镇间的生态林地、交通网络和市政基础设施，高标准地建设好居民小区、教育医疗设施和社区文化设施，成为全岛基本现代化进程中的服务中心，规划人口约55万，占全岛人口的2/3。
　　 三是调整优化工业园区布局，化大力气关闭全岛高污染的“五小”企业，加强崇明工业园区各分区对劳动密集型、农副加工型和高科技型的企业承接作用，提供相当数量的就业岗位，同时，创建上海首家国家级清洁生产示范区和海洋产业创新基地，为经济发展提供新的增长点。

   分区5:崇西分区 （生态景湖区与环湖度假、国际会议办公区）
    位于全岛西端，崇明越江通道崇海（门）大桥出口，拥有全岛最大的自然湖和崇西深水岸线段（-14米以上），由绿华镇、三星镇一部份和新海、跃进农场组成，面积约150平方公里。
　　 崇西分区是崇明全岛位置最远、水质最好、环境幽静的地区，明珠湖周边分布有崇西水闸、边滩水库等一系列生态湖泊和东风西沙等岛外岛，是崇明岛自然风光最为优良的地区之一。
规划崇西分区将建成为生态景湖区和比照“东方的日内瓦”的大型国际会议、办公区和环湖度假区。主要项目包括：
　　 一是依托明珠湖的开发，培育国际会议基地、论坛中心、会展中心、企业总部等商务功能，力争成为未来上海作为世界级城市势必大力发展的国际组织或跨国机构集中地。
　　 二是开发环湖观光、私家游艇等项目，有选择地发展滨湖高档别墅和度假休闲区。
　　 三是对崇西深水岸线和外岛地区进行战略储备，作为远期离岸型自由贸易区、港口物流集运区、大型娱乐宾馆业发展备用地