根据崇明岛域自南向北的地带性规律，结合岛域东西两端的特色空间要求和道路布局特征，整个岛域总体布局将形成五大功能分区。

    分区1:崇东分区（大通道景区与生态示范、休闲运动区）
    位于全岛东端，崇明越江通道东侧，由东滩湿地、候鸟自然保护区、规划中的上实生态园区和上海一城九镇序列中的陈家镇组成，面积约180多平方公里。
　　 崇东分区是崇明生态岛未来的门户地区之一，是全国沿海大通道的生态窗口展示地区，也是崇明生态岛通达性最高的地区之一。
　　 规划崇东分区将建设成为全岛标志性的生态示范区、科教博览区和休闲运动区。主要项目包括：
　　 一是辟建东滩国际湿地观光公园、候鸟观赏保护区等崇明标志性的原生态景观区，开发建设生态旅游和生态博览区。
　　 二是依托通达性，重点发展大流量的休闲运动功能，建设上海国际公共高尔夫中心、马术活动中心，并作为上海奥林匹克公园布局预留地和迪斯尼乐园的备选地之一，成为上海健康户外运动的重点地区。
　　 三是按照国际生态社区标准建设上海实业生态度假园区和陈家镇生态示范镇，以旅游度假、科教研发、会议会展功能为依托，并推进有机农业、循环工业和清洁能源，成为全国生态化社区建设的试点窗口和国际性的科教博览基地。

    分区2:崇中分区 （中央森林区与休闲度假、教育研创区）
位于全岛腹部，面积约500平方公里，现状以林农业为主，其中心地段分布有崇明目前的另一品牌——东平国家森林公园。
　　 崇中分区是全岛位置居中、面积最大的分区，是规划的崇明森林分布的最集中地区，在全岛起着核心地位的作用。
　　 规划崇中分区将建成为全岛的中央森林区和生态涵养区，最集中的森林休闲、度假疗养区和国际性的高等教育、研创总部区。主要项目包括：
　　 一是扩大建林范围，完善林相结构，辟建一系列大面积的景观森林群落，形成4个左右的国家森林公园，并将水系与林地有机结合，整体相互沟通，形成上海最大的公共森林游憩地区。
　　 二是大力发展休闲度假、旅游接待、会议会展和休疗养基地建设，积极推进国际高等教育、研发公司总部的选址布点建设，并可培育一批牧场庄园和农场庄园，形成高起点的生态型产业格局。
　　 三是试点承包土地（含宅基地）使用权流转和置换农民身份、农村居民点外迁与崇南地区的集中城市化战略相互接轨，扎实推进“三个集中”，真正做到“山河重整”。

    分区3:崇北分区 （主题乐园区与有机生态农业展示区）
    位于全岛北沿，是现状农场、崇明新垦区和江苏垦区混杂分布的带状地区，也是远期环岛公路北线及沿海大通道高速公路的贯穿地区，规划面积约170平方公里。
　　 崇北分区是全岛土地成本最为低廉的地区，沪崇苏高速公路穿越，土地增值空间较大，是崇明战略性开发的重要棋子之一。
　　 规划崇北分区确定为大型主题乐园、大型会展论坛、大型科教园区、大型体育场所的布局空间，可接收和分流上海、江苏（华北）两方面的人流，并作为全岛有机生态农业的发展展示区进行控制。主要工作包括：
　　 一是对北湖沿线等新垦区土地进行整理和储备，协调对农场和江苏部分行政区的关系，积极论证启东大桥选址和沿海高速公路、沿海铁路的走向，控制分散、零星的土地批租和开发行为。
　　 二是对积极筹划世界级主题乐园等四大类型项目的引进，未雨绸缪，使之成为崇明旅游度假岛的先发地区，并能全方位地带动崇明经济的发展和基础设施的建设。