2008年7月7日－10日，国家级自然保护区管理评估组受国家环境保护部的委派，先后来到九段沙湿地国家级自然保护区和崇明东滩鸟类国家级自然保护区，就保护区的管理工作进行评估。

本次评估工作是按照环境保护部、国土资源部、水利部、农业部、国家林业局、中国科学院、国家海洋局联合下发的《关于开展国家级自然保护区管理评估工作的通知》（环办[2008]19号）的要求，采取实地考察、资料和文件查阅、听取自评估报告、与相关利益者座谈、讨论评议、评估打分、最终评定管理水平等级的评估方式进行的。

7月7日，评估组听取了九段沙保护区管理署的工作汇报，实地检查了九段沙湿地的现状，并检查了保护区成立以来的相关资料、文档和文件；7月8日评估组与保护区周边社区及本保护区工作人员进行了座谈；经过评估，九段沙湿地国家级自然保护区的评估得分为87分，管理水平等级为“优”。7月9日，评估组实地检查了崇明东滩鸟类国家级自然保护区管理处办公楼、捕鱼港管护站、白港管护站、团结沙管护站、北八滧管护站及北八滧环境教育中心等基础设施，听取了保护区管理处的汇报，查阅了保护区管理处的档案；7月10日，评估组与崇明水务局堤防站、上实公司、陈家镇政府、崇明东滩湿地保护区派出所、边防武警崇明东滩派出所及保护区管理处职工代表进行了座谈，经过评估，崇明东滩鸟类国家级自然保护区的评估得分为89分，管理水平等级为“优”。

评估组认为，九段沙湿地国家级自然保护区和崇明东滩鸟类国家级自然保护区的管理工作已得到了各级政府和有关部门的高度重视，上海市人民政府先后颁布和实施了《上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理办法》和《上海市九段沙湿地自然保护区管理办法》，将保护区保护管理工作纳入了依法管理的轨道；保护区管理机构基本健全，人员配置比较合理，运行经费保障程度高；保护区管理工作规范，保护成效显著，已经成为了具有自身特点的示范保护区。

同时，评估组也指出，上海市国家级自然保护区管理仍然存在以下问题：

1、外来物种――互花米草对崇明东滩和九段沙湿地生态系统的健康及生物多样性已造成威胁。

2、《上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理办法》和《上海市九段沙湿地自然保护区管理办法》的部分规定已不适于保护区的现状，给保护区的依法管理带来了困难。

3、九段沙自然保护区管理署的机构设置不够完善，给保护区有效开展对外协调和交流带来了很大的难度。

4、保护与开发的矛盾依然存在。如人类活动对崇明东滩自然保护区周边环境的压力日益增大，对保护区的主要保护对象存在一定的影响。

5、保护区的基础设施和能力建设方面尚有一定差距。比如崇明东滩保护区管理处的办公用房目前还是租用其他单位的，这不利于保护区总体规划实施及功能性设施建设。