主要特殊政策
海关政策方面：
区内企业进口自用设备、办公用品、生产用原材料、零部件等可以免关税、进口环节增值税；加工产品内销按照进口原材料、零部件征收关税和进口环节增值税；进口货物在区内存放时间不受限制并可进行商业性简单加工。
外汇政策方面：
不实行外汇核销；企业的外汇收入可以全额留存。
市场准入方面：
经营范围广泛，外商投资企业在区内不仅可以从事生产加工，还可以开展国际贸易、仓储物流、分拨配送、商品展示、商业性简单加工及维修检测等服务贸易类业务。
政府财税扶持方面：
保税区注册的外资生产加工企业，以及经过认定的研发中心、高新技术企业可享受国家及地方相关税收优惠及财政扶持政策；对于注册成为保税交易市场会员的贸易公司，以及仓储分拨企业、专业物流服务类企业，上海市政府和浦东新区政府均给予一定的财政扶持政策。
外高桥保税区C区（商贸中心）特殊政策
对开发商收购停工待建的楼宇并实施续建的，可按收购楼宇成交价格给予一定补贴；对开发商在保税区C区自建(包括收购房产)房屋租售、租赁实现的营业收入给予一定补贴；对在保税区C区内新设立的保税区功能市场，其实现的摊位费、会员费、管理费的营业收入、利润总额给予一定补贴；对租赁或购买保税区C区楼宇达到一定面积的，其实现的增加值、营业收入、利润总额给予一定补贴。
外高桥保税物流园区特殊政策
保税物流园区企业除可享受保税区原有政策和浦东新区相关优惠政策外，在海关监管、税收管理、外汇管理和财政扶持等方面还分别享有如下优势：
海关监管方面：
海关对园区企业实行分类管理；
园区企业可以开展中转集装箱的拼箱、拆箱业务；
园区企业需要少批量、多批次出货的，经批准可以办理“分批进、出区、集中报关、凭保放行”手续。
税收政策：
从区外进入园区的货物，海关按照对出口货物的有关规定办理报关手续，签发出口退税联，税务部门予以办理退税手续；
外汇管理：
区内货物分拨企业，在自有外汇不足以对外付汇的情况下，允许企业购汇解决；
对货物流与资金流不一致的付汇，允许区外企业凭相关凭证向境外企业购付汇；
实行区内企业非贸易购汇试点。
财政扶持：
引进的分拨、配送、采购、仓储类企业，其实现的增加值、营业收入、利润总额将给予一定比例的补贴。
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